結果，任說客說破了天，傅斯年堅決不肯加入政府。蔣介石死了心，轉而想拉胡適進入政府，希望傅斯年能做做說服工作，結果傅斯年也竭力反對。在給胡適的信中傅斯年說，兩人一旦加入政府，就沒有了說話的自由，也就失去了說話的分量?！耙蝗胝?，沒人再聽我們一句話”。他勸胡適要保持名節，其中有一句話極有分量：“借重先生，全為大糞堆上插一朵花?！闭沁@句話，打消了胡適做官的念頭。

 　　對于傅斯年拒不做官的氣節，李敖一直贊譽有加。在《李敖有話說》中他就說：“有一個人學生領袖傅斯年，終其一生不肯加入國民黨。他不但不加入國民黨，還鼓勵他的老師胡適要采取跟國民黨并不很合作的態度。這一點我覺得傅斯年很了不起……他們要發揮這個知識分子的力量，可是又不想被國民黨吃掉，不被國民黨同化……真正的夾縫里面的自由主義者，不做國民黨也不做共產黨，他沒有社會地位，很苦?！?

　　蔣介石到臺灣后，把傅斯年當作“座上賓”，時常邀請他到總統府吃飯，商議國事。李敖在《李敖有話說》中講了這樣一個細節：“到臺灣來以后，有一天，當時的代總統李宗仁到臺灣來，在臺北的松山飛機場要下飛機的時候，蔣介石跑去歡迎李宗仁。在松山機場的會客室里面，蔣介石坐在沙發上，旁邊坐的就是臺灣大學校長傅斯年。傅斯年怎么坐的?在沙發上面翹著二郎腿，拿著煙斗，就這樣叼在嘴里，跟蔣介石指手畫腳講話。其他的滿朝文武全部站在旁邊，沒有人在蔣介石面前敢坐下。憑這一點大家就知道傅斯年在臺灣的地位?！?

　　遺憾的是，這位敢說話、辦實事的臺大校長，來臺灣不到一年，就在參加省參議會第五次會議時突然倒在了議會廳。蔣介石聞訊后，立即派行政院長陳誠前去指揮搶救，動員臺灣所有名醫，不惜任何代價搶救傅斯年。他本人則守候在電話旁，焦急等待陳誠每半小時的匯報。傅斯年因腦溢血去世，享年僅54歲。